例如北京邮电学院在6月4日，愤怒的师生们就赶走了进校不到四天的工作组，学生们把工作组的行李扔出校门，连脸盆都砸扁了；而在由叶林任工作组组长，刘少奇的太太王光美任副组长的“刘主席的点”、与北大比邻的清华大学，由于高教部长、清华大学校长蒋南翔被停止反省，连包括北大在内的许多外校师生都纷纷赴清华声援。
分析其原因，恐怕依然只能归结于这种“特务工作队”的工作方法和工作态度。各个学校具体情况常常大相径庭，不同的校党委校领导能力、作风、威信等差别极大，有积怨极深者也有威望素著者，无法一概而论。工作组成员基本出自官僚系统和部队，绝大多数对学校实际情况一无所知，同时又迷信本就问题多多的“四清”经验，不肯去深入了结听取师生们的意见，大搞一刀切和包办代替。大批干部统统“赶上楼”人人封闭“学习”过关检查；与此同时却把师生们和这些人完全隔绝。要批判的固然找不到人，要支持要保护这些人的也同样愤恨于工作组对这些人的打击迫害。
如此作风的“特务工作组”和学校师生们之间矛盾日益激化实在是必然的。
与此同期，许多其他单位其他地方也纷纷动荡起来。6月3日，北京市委有人贴出了批判李雪峰5月25日北大讲话的大字报，这些人迅速被打成了“***”。李雪峰还提出“反对新市委就是反对党中央”。至6月5日，市委机关继续围攻给李雪峰贴大字报的人，收回他们的大字报底稿。200余人重点挨整，八成以上被迫检查。
而在外地文教系统，类似聂元梓的事件纷纷出现。上海复旦、同济、交大、科大等院校仿效聂元梓给校党委和领导提意见贴大字报的人竟然仍如聂元梓一般纷纷挨整，武斗事件层出不穷。
如前所述，比起这些学校来，北大远非对抗最严重的，然而校门也已经被工作组封掉了，工作组长张承先亲自规定校外人员不得自由进出北大，校内大字报正在“整理”暂停开放。北大变成了事实上的一所大监狱。
6月9日，张承先大概是仿效李雪峰的关系，又说向工作组提意见的行为就是“给工作组抹黑，不相信党中央”；6月12日，清华蒋南翔被停职反省，北大师生前往声援时，张承先又驱车前往，要将师生们赶回学校并以“记过”威胁。
在此期间的6月9日，刘少奇、邓小平、陈伯达、康生、陶铸等人飞赴杭州，和毛泽东一起开了中央工作会议。会议并未作出很明确的决定，但分歧已经非常明显。毛泽东提出“派不派工作组不是主要的”、“乱就乱一下子嘛！”“不要急于派工作组”；而刘少奇则坚持“还是不要乱”，更有某位善能画圈的伟人将问题加码为“他们不是要斗黑帮的问题，而是要斗垮我们整个的党”；毛泽东委婉的表达了自己的反对“我就不相信他们能整垮我们的党……不过也有例外，那就是我们的党制已经烂掉。”。
杭州会议之后，刘少奇、邓小平回到北京继续大派工作组，至6月中旬北京各学校已经基本都进驻工作组，取代了原来的校党委。
6月11日，刘少奇在文化革命汇报会上表明了自己的态度：“……在北京用两个月左右的时间搞夺权……局势明朗的情况下学校党团组织可以及早改组，即整党整团……主要靠我们抓工作组的领导，没有工作组，我们的领导就断线了，学生中、教师中那帮***分子就会翻天。”而当李雪峰问“学生中的***要定多少？”的时候，刘少奇明确回答：“不要定框框，有多少就定多少。”
两天之后，刘少奇在批转中南局”关于文化大革命的形式和意见的报告“和西北局“关于无产阶级文化大革命的意见和部署”两份文件时，明确强调反右的范围应该包括学生。
“学生中的反党反社会主义分子，一定把他们揪出来。”、“今年高中应届毕业生中的***分子，经过市委批准，可以批判斗争和带帽。”……此类批语，至今读来仍令人毛骨悚然。
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