在被带到派出所之后，由于某种原因——或许是孙有些与公开报道中所述不同的难言之隐所以说了慌；或许则是警方确有人要对他施以某种“教训”；当然，也可能孙仅仅是因为爱面子和担心自己被派出所带走的事一旦传扬开去有可能影响自己刚刚找到的工作，但总之，在派出所为孙做的“笔录”中，固定住所、稳定生活来源和合法证件三项填写的均为“无”。而后，在孙的朋友们来到派出所，说明孙有身份证和工作单位，提出为其补办暂住证，并予以保领时，拒绝的原因则是“没有进行必要的核实”。
这似乎是无可厚非的——确实应该这么作。但之后的一系列事情也就因此开端。3月18日凌晨两点，孙被送往天河公安分局收容待遣所，由民警罗侨安进行了询问，治安协管员罗东升则参照黄村街派出所移送的询问笔录，在询问笔录上填写了孙的身份证号码和“无暂住证”、“无正当职业”、“无正常居所”等内容。
然后，孙签了字；然后，民警罗侨安代待遣所所长签下了“同意收容遣送”的意见。
然后——孙就成了待遣送的“三无人员”。9个小时后的18日上午，处于某种考虑吧——觉得医院的待遇可能会更好一些？或者意图侥幸免于被遣送的命运？孙志刚向中转站护师殷孝玲报告自己有心脏病，因为紧张而心慌、失眠，要求放他出去或住院治疗。中转站遂以“心动过速待查”为由，将孙送往广州市收容人员救治站。在那里，孙被医生诊断为“焦虑症”——精神病的一种。
也就是在广州市收容人员救治站中，自称“心脏病”但被诊断为“焦虑症”的孙志刚和10名精神病人一同关在二区201仓，在这里他至少两次遭到殴打。苦不堪言的孙志刚在20日凌晨时分病人罗小海出院时摇动着铁窗大叫：“我叫孙志刚，达奇服装公司职工，武汉科技学院毕业的大学生。在里面挨打！”
也许就是因为这句话，也许还有案犯乔雁琴所说的孙志刚“向下边下来检查的人打小报告，说这里经常打死打伤人”的因素，但救治站的山西籍护工乔雁琴被惹闹了。于是他决定把孙志刚从201仓调到案犯李海婴所说的“就是专门打人的地方，打完了，就把被打的调出去”的206仓。
当晚，乔燕琴来到206门外，对“仓头”李海婴等人说，“孙志刚太闹，呆会儿把他弄过来让你们玩玩。”。晚12点半，护工交班，乔燕琴和乔志军下班，由另外两名护工胡金艳和吕二鹏接替。值班护士办完手续之后，乔雁琴再次来到206仓，交代说：“那小子过来后，过半个小时，给我狠狠地打。不要打头，不要打出血。反正打死也没事。”“这里死一个人像死个蚂蚁一样！”(据乔燕琴在公安机关的笔录记载)。然后乔雁琴又一次来到201仓让孙志刚出来，见孙没动，“我进去用右脚往孙志刚的小腹部踹了好几脚，再上去用右脚往他的肩膀和背部踹了好几脚，这时孙志刚便跪在地上，求我不要打他，我不理他，再往他的肩部及背部踹多几脚”(据乔燕琴在公安机关的笔录记载)然后将孙拉了出来换到206仓。
孙被换到206仓后，走到厕所旁的床位倒头睡下，乔燕琴等人则下楼去煮玉米当宵夜。半个小时后，“仓头”李海婴一声令下：“时间到，开始！”。同在206仓的张明君忍不住说了句话：“为什么要打人家？”，仓头李海婴的回答是：“你不打就收拾你！”。
于是206仓的八个人开始围住孙志刚拳打脚踢，跳起来在背上跺，又把孙抬起来往地上摔。值班护士曾伟林从监控录像上发现这一切之后，当班护工胡金艳赶快上去对李海婴说：“你再闹，还想不想出去了？”然而紧跟她上来乔雁琴则阻止说：“别管她，继续打，打得还不够狠。”。乔雁琴（一说另一名护工吕二鹏）还向仓中挥动了两下拳头。
206仓的八个人也开始犹豫，最后“仓头”李海婴对大家说：“打得保安不满意。保安交待的事不办好，大家都有麻烦。再打半个小时。”。
几分钟后，胡金艳在监控室发现206仓内有人再度殴打孙志刚，便和值班护士曾伟林一起来到206。这时的孙跪在地上，直请求换一个房间。
孙抱着被子，跟着当班护工吕二鹏来到对门的205仓——这里关押的是15名精神病人，一头钻进厕所。很快，206仓的人们听到了孙志刚非常凄惨的叫声。他们从窗口可以看到，吕二鹏提着警棍隔着门在捅孙志刚。也有人说，他看见吕进入了205，打从厕所里露出头来的孙志刚。
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