有西方学者把敦煌壁画称作是“墙壁上的图书馆”。
然而，这些壁画在这段时期同样惨遭损毁。
1921年，在苏俄国内战争中失败的数百名白匪军逃窜到莫高窟，他们在壁画上任意涂抹、刻画，并在洞窟内烧炕做饭，致使大批壁画被火燎烟熏。
1924年，美国人华尔纳到莫高窟盗剥了大面积的壁画。并掠走彩塑。
林子轩在文章中提出了保护敦煌文化的倡议，得到了国学界的支持。
其中以清华研究院导师陈寅格最为热心，他写文章支持林子轩提出的把敦煌文化作为一门学问来研究，也就是“敦煌学”。
他认真研究了京师图书馆所藏的八千余卷敦煌写本。提出了九个方面的研究价值。
即摩尼教经、唐代史事、佛教文义、小说文学史、佛教故事、唐代诗歌之佚文、古语言文字、佛经旧译别本、学术之考证等。
他认为“敦煌学者，今日世界学术之新潮流也”。
并感叹“敦煌者，吾国学术之伤心史也”。
林子轩成为第一个提出“敦煌学”这个概念的人，陈寅格对此做出了界定和补充。
不过林子轩自己知道，和讲解《红楼梦》一样。他只是按照后世的观点照本宣科，陈寅格才是真正的国学大师。
所以，他写信给陈寅格，不敢居功，并盛赞了那些研究敦煌文化的学者。
比如中国考古学家罗震玉可以说是敦煌学的奠基人，正是他上书清政府把莫高窟残存的经卷运送到京城保存。
他早在1909年就发表了《敦煌石室书目及其发现之原始》和《莫高窟石室秘录》。
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