终于有一天，陆澄源的奏折，吹响了号角。
陆澄源，既不是东林党，也不是阉党。他的态度一向很客观公正，如果他动手了，那就说明时机成熟了。其实，陆澄源弹劾的内容，明眼人早看出来了。魏忠贤即使有功，但那也是伺候先帝的功劳，论功行赏，也有祖宗的法制在，他现在居然位极人臣，权倾朝野，这到底是什么道理。
接下来，兵部主事钱元悫上书，把魏忠贤和阉党的罪行又统统数了一遍。他比陆澄源还厉害，把魏忠贤和历史上叛国谋逆的王莽、董卓相提并论。这些人的奏折，一封比一封厉害，给魏忠贤扣上了不小的帽子，而这顶帽子，叫做谋逆。说起玩心眼，魏忠贤真比不过这些读书人。
崇祯一看，时机到了，可以动手了。
听说这些奏折皇帝都看到了，魏忠贤害怕了。他觉得要采取行动。而他的行动，就是哭。他本来想用眼泪博得皇帝的同情，可皇帝并没有如他所想的被感动，而是冷冷的看着他，并且叫来一个人，让他把一个名叫钱嘉征的人写的奏折读给魏忠贤听。这封奏折里没写别的，就写了魏忠贤的十大罪，魏忠贤听了，吓的魂都没了。
魏忠贤与客氏两人，一方面处心积虑地除去宫中一切可能对他们不利的因素，一方面向熹宗进献自己的养女，冀图能生得一男半女。然而，熹宗一生三男二女，都早早夭折，魏忠贤与客氏的如意算盘始终没有拨转。所以，熹宗的去世，对于客氏的打击是非常沉重的。
信王朱由检入宫即位后，客氏就再没有居留宫廷的理由了。九月初三日离宫的那一天，客氏早早地起床。五更时分，身着哀服，入熹宗灵堂，取熹宗幼时的胎发、痘痂及指甲等物焚化，痛哭而去。两个多月以后，即天启七年的十一月十七日，客氏被从私宅中带出，押解到宫中专门处罚宫女的地方浣衣局，严刑审讯。审讯得出的结果令人诧异：当时宫中有8位宫女怀孕，客氏承认这8名宫女都是自己从外面带进去的婢女，是想学吕不韦的榜样，觊觎皇位。结合魏忠贤曾在熹宗死前说已有两名宫女怀孕，宫女怀孕这件事也许真是客氏和魏忠贤精心安排的。如果客氏所说是真的话，那么客氏自然是罪不容诛，于是在浣衣局被活活笞死。
魏忠贤终于明白，皇帝并不想跟自己共享权力，他要的是全部，是为君者应该得到的尊严和荣耀。很明显，魏忠贤存在一天，皇帝就憋屈一天。魏忠贤静静地等待着皇帝的宣判。果然，皇帝开口了，魏忠贤一下子被赶到南京守陵去了。魏忠贤看到大势已去，就连忙找人帮忙，他找到了当时皇上身边的太监徐应元，表示只想为自己留条后路，徐应元答应了，并且在皇帝面前也替魏忠贤说了话。可没想到，这一下，魏忠贤死的更惨。
崇祯没想到，自己身边的人竟会替魏忠贤说话，那好，让你去守陵还不够，一定要永绝后患，至于徐应元，你也一起去守陵吧。要说魏忠贤没脑子，都已经倒霉了，还不消停，居然浩浩荡荡地带着大队人马前往南京。崇祯看了，心里很别扭，于是马上下旨兵部，声称魏忠贤谋反，罪当死。崇祯的意思是，你犯了大罪我已经从轻发落了，但你不知反省，还纠结一群人在自己周围，是要造反不成。就在锦衣卫追赶魏忠贤的时候，魏忠贤得到了皇帝要除掉自己的消息。
魏忠贤行至途中，接到密报。当夜，他听到外边有人唱道：“随行的是寒月影，呛喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死。”想到昔日的荣华富贵，魏忠贤也感到真个不如死，魏忠贤知道自己怎么也躲不过去了，干脆就来个痛快的，于是自缢而死。随后，阉党集团也被肃清。
崇祯皇帝在魏忠贤自缢而死后，下令磔尸于河间。此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。崇祯皇帝谈笑间铲除了魏忠贤集团，曾一度使明室有了中兴的可能。
朱由检求治心切，很想有所作为。但因大明朝矛盾丛集、积弊深重，无法在短期内使政局根本好转。崇祯皇帝本以为自己清除了让自己和朝野痛恨的魏忠贤一系的阉党。政治局势便会好转。可万万令他没想到的是。东林党因为没有了阉党的压制。在朝中日日猖獗了起来。朝中的党争不但没有减少。反而更加激烈了起来。
东林党、楚党、浙党等一系列党派。勾心斗角。争权夺利。朱由检想做个好皇帝。可下面的臣子们不给力。每天朝堂之上争吵不断。一件小事都能让他们争上半天。更何况是国家大事了。在明末党争中，东林党的主要对立面是齐楚浙党。万历后期，双方以争国本为首，以三案为余波，相攻不已。
天启帝时期，宦官魏忠贤专政，形成明代势力最大的阉党集团，齐楚浙诸党争相依附之，对东林党人实行血腥镇压。天启四年，东林党人杨涟因劾魏忠贤二十四大罪被捕，与左光斗、黄尊素、周顺昌等人同被杀害。魏忠贤又使人编《三朝要典》，借红丸案、梃击案、移宫案三案为题，毁东林书院，打击东林党。东林著名人士魏大中、顾大章、高攀龙、周起元、缪昌斯等先后被迫害致死。齐楚浙党又造天鉴诸录，加东林以恶名，并列党人榜于全国，每榜少则百人，多至五百余人，凡列名者，生者削籍，死者追夺，朝中善类为之一空。
与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯和方从哲等人，他们被称为“浙党”。另外还有什么“秦党”，成员都是陕西籍的官僚，还有什么“齐党”、“楚党”、“宣党”，都是以首领的籍贯命名的。“秦党”的政见与“东林党”相吻合，其他各“党”都与“浙党”声气相通，党争之风甚嚣尘上。
东林党人不讳言“党”及“朋党”理念的变化。东林党人对“朋”和“党”有了不同于前人的认识。他们不讳言“党”，常以“吾党”自称。在他们的语汇中，“党”，已不是“同乡”、“乡党”之意，而是“同道”、“同志”、“志同道合”之意。
可是到了明朝末年。东林党人的思想发生了改变。变成了一群只知道争权夺利的伪君子。空有满腹经纶。却无一点实干的才能。他们打击一切反对他们的党派。反对一切别人赞同的事情。东林党人到后期就是为了反对而反对一群势力之人。只要你赞同的事情。我就反对。不管这件事情到底是否对这个国家和朝廷有利。我的存在就是为了给你下绊子的。
崇祯皇帝每天在头痛之余都在思考。自己当初铲除了魏忠贤是否做对了？“王伴伴。你说朕当初铲除了魏忠贤是否做对了？朕以为只要铲除了魏忠贤。朝堂就会为之一清。可为什么现在的朝堂比之先帝之时更加混乱了。朝堂之上每天争吵不断。朕想做个好皇帝。朕想励精图治重现我大明盛世为什么就这么难呢？”
王承恩轻言道：“启禀皇上。皇上是天子。天子是不会错的。错的是那些大臣们。是他们不懂体恤圣意。所以才会让皇上您如此为难。那些大臣都该杀。”朱由检点头道：“朕也很想杀了那些只知道喋喋不休却毫无实干的大臣。可是朕不能啊！大明朝还需要这些大臣们去维持。杀了他们。谁来替朕之力这个国家呢？”
朱由检又喃喃自语的说道：“也许朕朕的错了。也许朕真的不该杀了魏忠贤。魏忠贤虽然贪赃枉法。残害忠良。但他对我大明朝是忠心的。后金崛起之时。辽东一片狼烟。魏忠贤启用的**星、孙承宗等将领都是能臣良将，所建立的关外防线在十数年间成功阻止后金兵入关。为大明的安危发挥了巨大作用。”
王承恩道：“万岁爷说道没错。当初皇太极猛攻锦州时，袁崇焕与监军纪用一起下令不许私自出战，任凭赵率教在锦州苦苦支撑，在锦州破在旦夕的时刻，满桂公然违抗袁崇焕的不准私自出兵命令，主动出击，冒死以救锦州。宁锦大捷后，魏忠贤论功行赏，升了血战有功的满桂、赵率教的官，而罢免了避战守城、不愿冒险救锦州的袁崇焕。鉴于公论，魏忠贤并没有因为这位一心热衷于议和的袁崇焕在宁远城给他修生祠而放过他在宁锦之战中的避战之罪，也没有因为毛文龙上书力保和他作对的东林党人而处分毛帅，这也是为什么关外局势一直在向好的方向发展的原因。魏忠贤此人对大明朝是忠心的。但对万岁爷来说。他就是一个逆贼。所以万岁爷杀他没有错。错就错在魏忠贤不该起忤逆的心思。”
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