也就是在此之前不久，万历册封他的爱妃郑氏为皇贵妃，并预先公市礼仪以便各有关衙门作必要的准备。消息传来，就有一位给事中上疏提出异议，其理由为：按照**和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏，德妃郑氏仅为皇三子的母亲，后来居上，实在是本末颠倒。这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼仍按原计划进行。但谁也没有想到，这一小小的插曲，竟是一场影响深远的政治斗争的契机，导致了今后数十年皇帝与臣僚的对立，而且涉及到了整个帝国。万历皇帝也开始了三十年不上朝的奇葩事情。
万历皇帝亲政后，前期励精图治，每天治理朝政十余个小时。他废黜考成法等张居正改革中弊政，安抚流民，减少徭税，大大减缓社会矛盾。万历十三年时，北京干旱，神宗亲自步行至天坛祈雨。生活节俭，有勤勉明君之风范。
万历皇帝杀了张居正之后。改任首辅大学士为张四维、申时行。但张四维目睹张居正生前的宠荣和死后的受辱，自然再不敢以张居正为榜样。因此，同样曾经以才干受张居正赏识的申时行，深知伴君如伴虎的道理，吸取张居正的教训，一方面顺从皇帝，一方面用诚意打动整个文官政府。一句话，申时行是一个典型的和事佬。这位来自富饶的苏州府长洲县的嘉靖四十一年（1562年）状元，正如他的字“汝默”一样，力求清静，但也被人视为“首鼠两端”。他在任上，开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和经筵讲义的进呈，他也因此被人批评为要为神宗的“荒怠”负责。
章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。经筵讲义的进呈，就是皇帝不需要参加经筵，经筵讲官们只需要把他们的讲义送到宫中就可以了。这两件惯例的养成，就彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。明朝的败忙也由此开始了。
从万历三大征开始。虽都以胜利而告终，但每场战争都是一波三折，惊心动魄，胜利的同时也付了出了惨重的代价。“三大征”旷日持久，历时近十年，到万历二十八年六月结束。“三大征”虽都以胜利而告终，但每场战争都是一波三折，惊心动魄，胜利的同时也付了出了惨重的代价。是什么原因使“三大征”进行的这样艰难？
万历帝政治上贪权，他特别有心计，不受任何人摆布，虽然不理朝政但始终大权在握，宁可不补官缺。哪怕自己错了，在错误没有明显暴露出来，没有遭受重大损失的时候万历帝绝不动摇。万历帝要是想用哪个人，在没有明显用错之前，想辞职都不会被批准。
万历帝的本性是什么？一个字：“贪”，这个贪字渗透到各个方面。政治上贪权；经济上贪财；生活上贪生；思想上贪名。有这样的皇帝坐上龙椅。明朝想不败亡都难。
尤其是萨尔浒之战的大败。更是葬送了大明王朝最后的精锐。为明朝的败亡忙下了伏笔。1618年（万历四十六年，后金天命三年）正月，后金努尔哈赤趁明朝内争激烈、防务松弛的时机，决意对明用兵。农历二月，努尔哈赤召集诸臣讨论用兵方略，决定先打辽东明军，后并叶赫部，最后夺取辽东。农历三月间，后金加紧秣马厉兵，扩充军队，修治装具，派遣间谍，收买明将，刺探明军虚实。在经过认真准备和精心筹划之后，努尔哈赤在农历四月十三日以“七大恨”誓师反明，历数明朝对后金国（建州女真）的七大罪状，率步骑2万向明朝发起进攻。抚顺城以东诸堡，大都为后金军所攻占。后金军袭占抚顺、清河后，曾打算进攻沈阳、辽阳，但因力量不足，翼侧受到叶赫部的威胁，同时探知明王朝已决定增援辽东，便于九月主动撤退。
抚顺等地接连失陷，让明神宗感到事态严重，派兵部左侍郎杨镐为辽东经略，主持辽东防务。并决定出兵辽东，大举进攻后金。但由于缺兵缺饷，不能立即行动，遂加派饷银200万两，并从川、甘、浙、闽等省抽调兵力，增援辽东，又通知朝鲜、叶赫出兵策应。经过半年多的准备，援军虽大部到达沈阳地区，但粮饷未备，士卒逃亡，将帅互相掣肘。
由于万历皇帝一再催促杨镐发起进攻。于是杨镐坐镇沈阳，命兵分四路围剿后金。
杨镐的作战方针是：以赫图阿拉为目标，分进合击，四路会攻，一举围歼后金军。
杨镐的具体部署是：杨镐坐镇沈阳指挥；总兵马林率1万5千人，出开原，经三岔儿堡，入浑河上游地区，从北面进攻；总兵杜松率兵约3万人担任主攻，由沈阳出抚顺关入苏子河谷，由西面进攻；总兵李如柏率兵2万5千人，由西南面进攻；总兵刘綎率兵1万余人，会合朝鲜军共2万余人，经宽甸沿董家江北上，由南面进攻。另外，总兵官秉忠率兵一部驻辽阳为机动部队，总兵李光荣率兵一部驻广宁，保障后方交通。
原拟1619年（明万历四十七年，后金天命四年）农历二月二十一日出边进击，但因天降大雪，改为同月二十五日。同时，限令明军四路兵马于农历三月初二会攻赫图阿拉。
三月初一，杜松军突出冒进，已进至萨尔浒（今辽宁抚顺东大伙房水库附近），分兵为二，以主力驻萨尔浒附近，自率万人进攻吉林崖。努尔哈赤看到杜松军孤军深入，兵力分散，一面派兵增援吉林崖，一面亲率六旗兵4万5千人进攻萨尔浒的杜松军。
次日，两军交战，将过中午，天色阴晦，咫尺难辨，杜松军点燃火炬照明以便进行炮击，后金军利用杜松军点燃的火炬，由暗击明，集矢而射，杀伤甚众。此时，努尔哈赤乘着大雾，越过堑壕，拔掉栅寨，攻占杜军营垒，杜军主力被击溃，伤亡甚众。后金驻吉林崖的守军在援军的配合下，也打败了进攻之敌，明军总兵杜松、王宣、赵梦麟等，都在战斗中阵亡。明西路军全军覆没。
萨尔浒之战，以明军的失败、后金军的胜利而告结束。此战之后，后金军乘势攻占开原、铁岭，征服了叶赫部，酋长金台吉、布扬古被杀死，余部俱降建州。
明军主帅杨镐兵败之后立即引咎辞职，终被拘押。杜松与刘綎已死于战场，马林也于3个月后在开原战死，明军主将四人已失其三，仅有李如柏始终未遇敌，但在战役之后数日即为监察官纠劾。一年半后辽事更坏，此事再被提及，李如柏自杀以明志。
萨尔浒战役，后金军的胜利，不但使其政权更趋稳固，而且从此夺取了辽东战场的主动权。而明军自遭此惨败，完全陷入被动，辽东局势顿形危急。明朝方面自此由进攻转为防御，后金方面由防御转为进攻。明朝最后失去大部份辽东领土，山海关以外仅余少部份土地如锦州、宁远、杏山、塔山等地。
万历皇帝驾崩以后由长子明光宗朱常洛接任皇帝位。可明光宗是明朝历史上最短命的皇帝。作为明朝第十四位皇帝。才刚起了年号“泰昌”。悲催的朱常洛在位仅一个月便驾崩，时年39岁，史称“一月天子”。
明熹宗朱由校。年号天启，故又称天启帝。明光宗朱常洛长子，父亲光宗在位仅29天便因“红丸案”而暴毙，朱由校经过“移宫案”的风波，为群臣拥立继位。因其父不得祖父明神宗的宠爱，自幼也备受冷落。神宗临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。在位7年内部宦官干政愈演愈烈，明朝民生凋敝、日薄西山。因嬉乐过度成病，于1627年服用“仙药”而死，终年23岁，谥熹宗。
郑森重生的这个年代正是朱由校当皇帝的第二年。天启元年。朱由校17岁。面对愈演愈烈的朝廷争斗。天下不宁。外有强敌后金。这个时候的大明王朝已经处于水深火热之中。匪患横生。后金年年扣边“打草谷”。这时候，只要再压上最后一根稻草。大明王朝这只骆驼就会轰然倒下。
秋后，郑芝龙开始将自己的事业重心自日本九州岛迁到台湾，归附“日本甲螺”（倭寇首领）颜思齐。而郑森母子依然留在了日本九州岛。此后不久，荷兰东印度公司登岛，驱逐了以台湾为基地的其他势力。荷兰开始正式的霸占台湾了。
就在南洋风起云涌之际。大明王朝的北边也发生了一件大事。毛文龙崛起了。
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