同时颁布了新的管理条例，大概内容为：1.军队将撤出市区、关闭营门。（甚至连家属区都必须隔开，减少地方对部队的影响，从新纯洁化。这里也包括各种基地、仓库等）2.对军装、军容、军纪实行了严格管理，除现役军人任何人不得着装，着装时必须按要求。如外出没有要求着装而自己又不能严守军容时，可着便装。部队除任务需要不得大批着装进城，民间行动不得着装，严重者可以执行军法审判，这些当地警察有权检查和盘问。军人在民间违法时除特殊情况涉及到军事机密外，将由法院与军事法庭联合公开审理。3.军车牌照仅仅用于部队用于战斗或者执行任务使用的车辆。4.部队大规模调动和活动必须得到上级批准。除次之外所有的军营企业全部与原部队脱钩，由国家另行处理。
除了要求严了以外，官兵的薪饷也增加了。普通的义务兵每月津贴为300-500元，志愿兵的更高每月为800-1000元，少尉则为2000元每升一级加500，少校是5000元每升一级加1000。这不是一成不变的，根据实际情况可以进行浮动调整，如根据生活指数，经济的发展适当向上调整，还有职位和兵种也是重要因素之一。
为了解决随之而来的经费问题，中央决定把这次收缴的赃款拨出300亿元，再加上让出的土地带来的收益，还有原军企该改的改、该卖的买、该关闭的关闭，卖掉的部分又是一部分收入，保留的也进行了改组以优惠的政策吸引投资者来融资并交给合适的人来经营，而国家只保留股份和监督否决权，这样各种收入就填补了差不多所有窟窿。
全军就此展开了轰轰烈烈改革，中央军委的调查组在各部队宪兵和地方部门的配合下，对军队来了一次大扫除。而各部队也在军委的指使下开展了三查三比活动，查作风思想、查军官经济收入、查升迁活动关系，比军事技术、比军容风纪、比军民关系。在各方面的通力合作下，军队里的害群之马无所遁行，全部被清除出了部队。任何改革都不可能是一帆风顺的，这次也不例外开始时就遇到了很大阻力。那些军内的蛀虫当然也不会坐以待毙，为了自保或故意捣乱进行干扰，或挑动他人的抵触情绪，想方设法来阻挠。除了蛀虫外还有部分人也反对，多为不想离开城市里的优异生活，养尊处优惯了的机关干部，不想放弃特权的既得利益者，还有散漫惯了不想被拘束的官兵，最后剩下的就是把军队当成私人财产，认为这次改革威胁到了自己（这次整顿提高了宪兵的权利，对部队的调动、财产、资金使用等都有监督调查权），害怕权力被分散的部分高级军官。不过这些问题全部被一一解决了，那些蛀虫虽用尽办法可在天罗地网下还是没能逃脱。对那些虽无严重问题却进行阻挠的官兵进行分别处理，一时受人挑唆被蒙蔽的官兵使用的是开导教育；养尊处优和散漫的官兵调到条件差非常艰苦的部队里进行封闭式的严格训练，以事实来教育他们，受不了的编入被裁人员里；而对那些不放弃特权的既得利益者进行调查，或降职，或开出部队、或判刑。其实问题也不难解决，因为大都来自少数的机关干部和后勤官兵，真正负责战斗的基层部队都是支持整顿的。如此一来剩下的问题只有出现的个别‘新军阀’了，虽然人数最少因为职位太高反而是阻力最大最难解决，还是邓公出马震住了场面，事情才得以顺利解决。军委对改革的决心和提高薪饷，都极大地鼓舞了广大指战员，稳定思想解除后顾之忧的官兵积极配合下，军内的蛀虫都被挖了出来，和他们相互勾结的社会上的腐败和犯罪分子也都被查了出来。中央军委都均予以重处，极大地震慑了军内和社会上的犯罪分子，提高了人民解放军的威望。不但军内的问题得到了解决，而且为国家以后的改革提供了很好的经验和基础。
清理、整顿和调整让部队从新焕发出光彩，恢复了铁的纪律，又变为和我们人民打成一片的‘人民子弟兵’。一切干扰源消失后部队也可以全身心的投入训练。为了建设一只拖不垮打不烂，具有钢铁般意志，现代化的无敌军队。为提高我军整体军力，中央趁此良机又下达了一系列的决定。首先，为适应新时代的战争，军委决定在原来传统训练的基础上增加大量的科技成分，各部每天的训练必须有1/3是让给学习文化课和现代战争知识，1/3实行全新的训练。并在各大军校中开办短期培训班以半年为一期招收学员，与平时不同的是只招收普通的现役士兵，且明文规定所有部队以排为单位，每期必须输送3-5人。
军队想由传统向现代转型仅此是不够的，还需要提高我们的装备水平。我国的国防科技水平虽然不是世界上最好的，可是与那些数一数二的国家之间的差距并不是一般人以为的那么大。之所以装备上相差不少，这里有许多的因素。最主要的有两点，一是资金缺乏，一样的课题同时起步，我们没钱研制工作就会比别人慢，甚至半途夭折的可能都有，就是成功了也没钱大量生产。二是军工体系里的问题不少，因为是典型的计划经济‘宠儿‘，所以陋习很多，质量差无责任心，干活马虎懒散大爷习气重，且既不承认也不肯改，效率低下。改革开放后的问题就更严重了，计划经济转变为市场经济对军工的打击十分严重。僵硬的体制、无责任心的员工、指令性的计划生产都让它们成为吃钱的无底洞，年年亏损使得本来就不多的国防预算更是捉襟见肘。这两个难题是制约我军装备无法提高的主要原因。资金问题除整顿部队收缴的百亿投入以外，国家开始发行‘科技彩票’其中一半的收入将用于国防科技。军工方面则成立总装备部和新的国防科技工业委员会，隶属国防部的总装备部开始了与军工集团的订货合同关系，国防科工委代表国务院负责军工业的业务。原来的五大部（航天部、航空部、兵器部、船舶部、核工业部）改制为五大总公司实行政企分离，只行使企业管理而不再行使行政管理功能，政府对国防科技工业集中统一管理。而且除一部分对国家安全极为重要者有必要作为国有独资公司之外，其余的改制为股份制企业，实现股权多元化。建立现代企业制度、转换经营机制后将1／3的军品科研生产能力转向为经济建设服务，其中涉及到了核电产品、民用航天产品、民爆器材、环保设备和医疗设备等，作到‘军民结合、寓军于民‘。企业也不再是简单地扩大生产规模，而是在专家组的指导下全面推行质量控制、生产效率管理，成本控制。并坚持培训考核上岗，工人和基层干部的任务饱满，收入也不断增加。在此基础上中央工作组在各骨干企业动员全面展开反腐肃贪工作，挖出犯罪分子上千人各类赃款和赃物200多亿，不用说对犯罪分子一定是严惩不待而赃款当然还是投入了军工。
在中央的指示下各军工与东方集团为首的民营企业或其他企业展开了积极的合作，借助他们先进灵活的管理理念和经营方法，推进管理机制、生产经营机制、资产运作方式的深度革新。已经打开的市场对军工适应国家经济体制和经济环境变化，扩大对外开放，拓展发展空间都有莫大的好处。所有企业里中央最重视的就是东方集团，因为在所有企业里它拥有的技术是首屈一指，特别是在电子、信息、IT业上更是无人能比，并且最近更是拥有了独一无二的‘纳米剂’，对军工产品的用处更是巨大。
而这个东方集团就是另一件大事的主角，6月下旬东方集团出口各国的电脑芯片、手机、数码相机、摄象机、EVD、空调、洗衣机、冰箱等产品遭到当地政府的扣押，原因是被以IBM、英特尔为首的美国和日本数家数一数二的跨国公司，用侵犯他们的专利权为理由联合起来告上了法庭。本来象这样的案件在国际上只属平常，以前也发生过不少那些发达国家的跨国集团，与华人公司或其他发展中国家的小公司发生专利纠纷的事情。只是此次纠纷中有许多的不同之处，首先东方集团号称‘中国民营企业第一家’是中国首屈一指的大型上市集团，不论规模实力和从前那些公司都不可同日而语，其科技水平就是与对手相比也毫不逊色。并且因为它是中国高科技企业中的龙头，虽不是国有企业却和中国政府有很紧密关系，
此次事件也引起了中国政府的高度重视。
这些还不足以称其为大事，接下来发生的事才是引起全世界关注的原因。这次纠纷主要集中在东方集团的龙芯里使用不少英特尔的技术，而东方集团的对策就是根本不承认。公司联合（告东方集团的那些跨国公司的代称）立刻拿出了两家芯片作了个对比，内部结构有50%以上的地方相同或基本相同，在所有人都以为东方集团必输无疑的时候。东方集团却宣布那种芯片并非它们公司出口的产品，公司联合立刻指出芯片上有‘龙’字这是东方集团的独有品牌，并且从他们以前出口的电脑中拆下芯片对比结果出来后，果然，除了晶体管数量其它地方相差不多。
按说这回东方集团应该无话可说了，可是出人意外的是负责人尹志高却坚持他们没有侵权，这时拿出了一种芯片宣布这才是他们要出口的产品，经过检查居然是许多芯片制造商抢着研制却还没成功‘铜芯片’。从新检验之后，两种芯片间的相似度只有不到10%，而且相似的地方不属于专利内。
在半导体行业，更大并不总意味着更好。事实上，“更小，更快，更廉价”更适用于电脑技术。铝长久以来一直是导体的首选，但它将很快达到目前科技水平的技术和物理极限。使电子通过越来越小的导管变得更加困难-铝在这些更小的新装置中就是不够快。科学家们多年以来就意识到了这个难题并一直努力设法用导电性更好的三种金属之一来代替铝-铜、银或金。当然，如果这很容易，那么很久以前就已经实现了。在数量不断增加的情况之下没有一种金属比铝更容易处理。任何一种新材料都会产生新的挑战，可靠地填充亚微细粒空洞和通道有点象从飞机上填充一个高尔夫球场的小洞。一直以来，铜几乎是地球上最好的电导体，导电性比铝更好，所有芯片制造商都趋之若骛。但是，制造适于销售的铜芯片很困难。
所有人吃惊过后公司联合的律师又提出这个芯片并不能代表他们就没侵权，封存在仓库中的那些芯片就不是这种，难道那些不是东方集团的么？尹志高的辩白理由是‘那些芯片确实是我们的，不过那不是出口而是内销的产品，只是工作人员失误送错了，新的芯片马上就会送到。我们是有些失误，不过那是我们和订单方的事情，和你们没有什么关系！’结果对方被顶的哑口无言，只好撤诉。此事震动了全世界，一是中国公司头一次在专利案中获得胜利，这是从来没有过的事情。二是新式芯片的出现对世界有不同寻常的意义，所有的电脑使用的原来那种‘硅芯片’，而新式芯片的优势非常明显（增加50%的指令缓存空间和数据缓存空间，从而能将时钟频率推进到800MHz至850MHz，能在每秒钟处理32亿条指令，比现有最好处理器强64%的整数计算能力和14%的浮点计算能力），这将带起一阵新的电脑革命。最主要的是他是一家中国民营公司推出的，这说明什么？说明中国的科技水平在所有人不注意时，已经强到不可思议的地步了。
这件案子就此以东方集团的胜利而结束了，其它的案子因为问题不大再有中国政府为了保护民族产业（东方集团对国家来说其意义已经超过了一家普通公司），对此案致以极大关注并在适当时机施以一定压力，很快就解决了。东方集团因此次事件而名声大噪，在国际上的声威地位也远超以前，各种订单更是如雪片般飞来，公司股价也回升到最高点（东方集团于1996年6月6于上海沪市挂牌上市，原始股发行了1千万股每股定价15元，刚上市就涨到了16元，不过专利案时又跌到14元，结案后股价很快就回升了，当天开市没多久就涨停，此后天天如此，直到20元时才稳定下来），此事虽然不大可影响意义深远，首先大长我民族企业的士气，再有新式芯片此后渐渐取代了旧芯片从而让东方集团成为了世界上最大的微处理器供应商。最后，国家对东方集团也具有了非常大的信心，使得选择合作者时最先想到的就是东方集团，为成为中国乃至世界集团之首提供了合适的条件。
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