内阁
主条目：明朝内阁
参见：明朝内阁辅臣年表
明朝内阁制度，为明成祖首先确立。内阁乃建文四年（1402年）至崇祯十七年（1644年）的皇帝咨政机构，此後权力逐渐增大，後形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。明太祖废除宰相。起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部[。
中极殿大学士 一人 正五品
建极殿大学士 一人 正五品
文华殿大学士 一人 正五品
武英殿大学士 一人 正五品
文渊阁大学士 一人 正五品
东阁大学士 一人 正五品
六部
参见：明朝尚书与都御史年表和南京六部
明朝中书省时期，七卿长官均为正三品。洪武十三年，朱元璋罢中书，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。六部包括吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，其所属最高长官为明朝吏部尚书、明朝户部尚书、明朝礼部尚书、明朝兵部尚书、明朝刑部尚书、明朝工部尚书，其常常与都察院之都御史、通政使司之通政使、大理寺之大理寺卿合称「九卿」。明朝时，重臣任择须由九卿及外省巡抚、总督公开举荐，此为廷推。各部司不能单独决定的国家大事、要事，须经九卿公决，此为廷议。而由三法司无法决定的大型狱讼，以由九卿开会定狱，此为廷鞠或园审。其与明朝内阁构成了明朝的行政权力中心与决策核心。
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