但是，当时的阁臣刘吉却直接越过了吏部，手持天子中旨，直接将两广总督罢黜。
理论上掌握着官员考核权的吏部，从头到尾被排斥在外。
这件事情引起了相当大的轰动，时任吏部尚书的王恕，更是上奏称“不得其职，拜疏乞去”。
到这个阶段，应该说，六部在和内阁的斗争当中，已经开始渐渐落了下风，身为六部之长的吏部尚书，竟然都被逼到上疏求去的地步。
在朝堂之上，内阁也渐渐被默认为地位高于六部，这个时候的内阁，已经不必再借天子之势来钳制六部。
在朝野上下的眼中，内阁之位尊于六部，已经是默认的事实。
到了隆万年间，张居正横空出世，内阁的权势更是达到了顶峰，原因就在于，张居正推行的考成法。
考成法的优劣暂且不言，但是它规定各衙门置考成簿，定期向内阁汇报，由内阁定期考核官员。
这就是直接夺去了吏部对于官员的考核权，张居正死后，虽然考成法一度被废，但是内阁已经握到手中的权力，却从不曾放开。
张居正之后，内阁已经彻底成为了朝野公认的百僚之首，六部再不能与之相争，部院长官路遇阁臣，则需避让。
其后，虽然稍有反复，但是总的大趋势却不变。
于是，空前强大的内阁，终于对皇权产生了威胁，以致于天子不得不重新扶持内宦，用以抗衡内阁。
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