宋神宗闻讯后，召见苏颂，道：“此人罪大恶极，应当从重处置。”
苏颂道：“此案干系重大，臣不敢妄言宽恕他们，也不敢重判他们。”
宋神宗面色不悦，道：“你们再好好审理下吧，弑母天理难容，绝不可姑息。”
苏颂领命离去，审了半年依然悬而未决。
元丰二年。
正月。
御史台弹劾开封府审案不严，宋神宗下诏将此案移交大理寺审理。大理寺丞贾种民对吕公著怀恨在心，没想到去年六月开封府接到报案，一直到九月，吕公著不但没被连累，反而升任同知枢密院。他心中怒气难消，决定借着陈世儒一案陷害对方，指正对方参与其中。
二月。
吕公著之子吕希亚、陈世儒朋友的女婿晏靖被捕接受询问。宋神宗觉得吕公著应该不至于参与，于是派遣御史黄颜监督审讯，同时下诏知大理少卿蹇周辅、丞叶武、贾种民同黄颜一同审理此案。
五月。
吕公著及两个儿子被带到御史台接受审问。黄颜知贾种民等人欲行冤狱，畏避不敢言，没几天就假装生病请求不再负责监督审讯此案。黄颜既去，中书省向宋神宗请求指派御史何正臣负责监督审讯。何正臣来到大理寺后，冤狱愈发严重。
七月。
李定、何正臣、舒亶等人一边弹劾苏轼以诗讥讽朝政，欲致其余死地，另一边联合贾种民试图借助陈世儒一案打击报复吕公著等旧党之人。
案件从开封府移交大理寺，不但没有迅速解决，反而越闹越大，牵扯的人越来越多……
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