在这期间又发生了一件事情，原本经过多次背叛的女娲智能系统吸取了一些失败的经验，在它所克隆的各类生物身上都设置了基因控制，使得这些克隆人都会本能的服从它发出一个特殊指令后的命令，从而避免这些克隆人再次背叛。
然而原本作为克隆战士种族的吸血鬼中出现了十三个基因变异的吸血鬼，十三个基因变异的吸血鬼摆脱了女娲智能系统的基因控制，建立了自己的种族血族，从女神会中脱离出去，并联合基督教再次突袭了女神会的基地，虽然这次突袭并没能完全破坏女娲重建中的殖民基地，但却使得女娲智能系统陷入了死机状态。
失去了女娲智能系统领导的女神会开始确实出现了混乱，然而女娲克隆的女神会成员毕竟都拥有优质的基因，当时女神会的成员只剩下一百三十七位，通过一场大会，残余的女神会成员决定在女娲智能系统恢复前，将在人类世界潜伏下去，反正吸血鬼、狼人他们在外形上完全和人类一样，只是在需要变化的时候才会产生变化，至于黑巫师原本就是克隆人，自然也不需要掩饰。
之后，欧洲发生了三百年的剿杀女巫行动，其实就是基督教在剿杀女神会的成员，在这期间女神会的成员只剩下了四十四人，这四十四人也各自建立了自己的家族，在欧洲开枝散叶，完全隐藏入了人类世界，同时他们的家族成员也继承了始祖的基因。
剩余的四十四个家族随着欧洲的发展，而向世界扩散，唯一不敢去的是亚洲中国，而这四十四个家族的首脑便成为了女神会的四十四位议员，而女娲智能系统所在的地方成为了女神会的圣地。
伴随这人类科技的发展，女神会的成员终于认识到女娲智能系统出现的问题，他们开始有些无法接受这一事实，他们心目中的女神为什么会是一台智能系统，女神会的四十四位议员为是否修复女娲智能系统开展了讨论。
从他们第一代先祖被克隆出来的时候，他们就被女娲智能系统洗脑，女娲智能系统根据殖民手册，欺骗他们，说他们是女神创造出来的，是为女神统治地球而创造出来的战士，然而他们心目中的女神怎么会是一台机器呢？
最终他们基因中隐藏的命令，还是使得他们决议修复女娲智能系统，他们也希望通过修复女娲智能系统，从而重新和他们心目中的女神获取联系。
然而女娲智能系统的外星技术并不是那么容易破解的，修复工作一直持续到了1979年，女娲智能系统才出现了反应，开始了自检现象。
女娲智能系统花了十年时间才完全恢复，它发现现代人类居然步入了科技文明时代，当然这种科技文明相对于原本的殖民外星文明来说，还是非常落后，另一个重要信息是人类原本的超自然能力居然被削弱了，它特别关注了中国的道教，欧洲的基督教，经过系统计算，它发现人类确实变弱了。
而失去了它指挥的女神会居然也自我发展的非常良好，特别是在美国，这个当初由流放的罪犯、淘金者为基础的新兴国家，一些女神会议员已经掌控了国家的上层政权。
为此女娲智能系统重新制定了它的殖民计划，并在二十年前便开始布局这个计划。
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