然而更严重的一个问题是，由于宇宙飞舟的撞入，月球的脱离，地球原本的大气层被破坏了，产生了一个联通宇宙的大洞，宇宙射线随着地球的自转，引起了地球上残存的生物发生了变异，各自各样神话传说中的生物诞生了。
时间便这样过了千百多年，地球上依旧没能恢复原本的模样，只是受到宇宙射线刺激产生的变异的生物越来越多，这些生物有些在神话中流传了下来，有些直接被历史所淡忘，这些生物被后来的人类称为神兽、妖兽、魔兽等等之类。
这样千百年后的某一日，从原本埋葬了宇宙飞舟的海洋，如今已经成为了一处高原大陆，这大陆中的某一处平原忽然震动了起来，引起了周围山脉、地形的龟裂，一个如同蚯蚓状的巨大钢铁怪物钻了出来。
这就是当年降临地球，使得地球上一个时代的生物几乎灭亡，使得至今人类所知晓的恐龙灭绝，同时也使得地球开创了一个新时代的祸首，那艘来自太空的宇宙飞舟改装物。
此时的宇宙飞舟中已经没有活物存在，只有宇宙飞舟的智能系统主脑通过千百多年的时间，改造了宇宙飞舟，成为了现在这么一个像蚯蚓的奇怪陆地爬行舟。
这个陆地爬行舟依旧沿用了原本宇宙飞舟的名号，那就是在神话传说中，开天辟地的“盘古”，这艘宇宙飞舟是来自遥远外太空某一处星系的“盘古”号飞舟。
而这个宇宙飞舟的智能操控主脑则被原本的外星人控制者称为女娲，多么熟悉的两个名字盘古、女娲，传说中开天辟地，造化万物生灵的神话始祖。
盘古号从地下爬出地表后，女娲智能系统便开始了对地球的环境以及相关原始土著生物的探测工作，从盘古号飞出了许多无人的探测飞船，对地球做着各种数据采集。
然而大多数探测飞船都被地球上变异的强悍生物直接破坏，只有少数飞船回到了盘古号，但也使得女娲智能系统得到了当时地球上的各类信息。
盘古号飞舟原本是来自宇宙某一星系智能生命的殖民探测飞船，在经历了一次意外袭击后，通过亚宇宙穿梭来到了太阳系，此刻飞舟上所有外星智能生命已经在飞舟坠毁地球的时候死去。
只有女娲智能系统这艘宇宙飞舟的控制主脑依旧保持着工作，失去了外星智能生命的指挥，它只好按照飞舟中储存的原始殖民系统程序规定的方式，开展前期的星际殖民准备。
消灭一切被殖民星球对未来殖民统治有威胁的原始土著生物，建筑殖民需要的基础设施，发射宇宙信号源，制作殖民星球的宇宙坐标。
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