三，接骨科，为专门治疗骨关节外伤性疾患的临床分科。
四，外科，专门治疗肿疡、溃疡、金刃所伤等外科疾患。
五，妇人科，专门治疗妇女疾病，包括接生稳婆。
六，针灸科，针灸疗法。
七，眼科，专治眼疾，治火眼目疼痒等诸疾。
八，口齿科，
九，咽喉科，
十，伤寒科，专门治疗外感疾患。
十一，痘疹科，痘疹诸证及其兼症证治、妇人痘疹证治，以及天花防治。
军医院大门上左右则写着，“流血流汗不流泪，掉皮掉肉不掉队。横批，保家卫国。”
设置也是十一科，但增加了：
一，金镞科。由于其治疗对象多为箭、剑、刀等武器的创伤，故名。
二，传染科，单独设区，设立隔离房间，由有防护的大夫医治，防止传染、扩散百姓。由军队看守，可防病人逃跑。
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