都察院，主官为左右都御史，分殿中御史，负责朝堂风纪纠察；监察御史，分二十五道，分别监察各行省和各部各署。
枢密院，负责情报和军事协调。主官枢密使，副职，枢密同知。
市舶司，负责海外船舶出入以及赋税征收。
翰林院，b较特殊和重要的部门，职能有三，一是给皇帝、内阁提供咨询，二是给皇帝、宗室、各文武大臣讲课；三是管理下属的国史馆（修史）、弘文馆（也叫庶吉馆，庶吉士们学习实习的地方）、詹事府（负责王子公主们的教育）、殿中司（知制诰-负责帮皇帝拟定诏书，承旨，负责传旨；起居舍人，负责记录皇帝起居）、成均馆（掌成均之法，以治建国之学政，国家最高学术机构，包括律令、算学，负责讲课的部门），以及集贤馆、文渊阁等馆阁。
各主官或正四品，或从四品，官职与尚书省各部侍郎并行。其中市舶司、鸿胪寺、通政司、国子监、大理寺、翰林院、度支司名义上属中书省，但实际管辖权归政事堂，枢密院直属军机班，都察院直属门下省。
翰林院和枢密院都b较特殊。
中书侍郎、门下侍郎、尚书仆S分领保和殿、中和殿、文渊阁大学士，中书侍郎加平章政事衔，为宰事，门下侍郎、尚书仆S加参知政事衔，为执事，组成政事堂。中书左右丞、门下左右丞、吏部尚书、礼部尚书、户部尚书七人领昭文阁学士，加兼知政事衔，为参事，与宰事、执事组成内阁。中书舍人、门下给事中则以参掌机密的名义，均可参与到政事堂和内阁的所有决议中，但没有表决权。
所有政事以宰事、执事决议于政事堂，或宰事、执事、参事决议于内阁，呈交皇帝批复，然后中书舍人拟定、门下给事中副署，以“三省同奉圣旨”名义颂布，决议的具T细则有规定。也有皇帝直接下的诏书，叫中旨，但必须由知制诏拟定、知承旨递到三省备案，否则也是不合法的。
真正负责翰林院事务的是挂着掌院学士头衔的都知院事。
翰林院下属殿中司、詹事府，国史馆、成均馆、集贤馆、文渊阁。
保和殿、中和殿、文渊阁、昭文阁大学士、学士是专给内阁要员们挂职用的。大学士，学士，只是一种称呼头衔，无品级。
殿中司，翰林院最核心的两个部门之一。里面的知制诰负责皇帝诏书赦令的拟定，知承旨负责把诏书传递到中书省，由其会同门下省公布，知制诰和知承旨为从五品。一般知制诰和承旨的职位也会同时授予某人身上，也称都知制诰承旨，正五品。皆称为内制事。
成均馆是另一个核心部门，它主要皇帝和内阁做咨询，也负责给皇帝、宗室、大臣们讲课，所以成均馆学士一般也叫侍讲/侍读学士。
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