标题：开く扉在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和基拉两人因克鲁泽说出的冲击X的事实而受到极大的震撼：原来基拉是双胞胎中唯一被进行遗传基因C作而在人工里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲――阿尔塔?佛拉达的克隆T；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着的世界。穆和基拉留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
第46集
标题：たましいの场所战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，基拉迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子g扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔不禁大喜过望。遭到主天使号和zaft舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了zaft舰队的阻击。草剃号和永恒号向zaft的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。在曾经的部下阿斯兰和迪亚克的敬礼中，亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。由于主天使号的三个强化人都达到了活动的界限，zaft方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的基拉却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已。
第47集
标题：?梦は再び得到了“中子g扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子g扰消除器”的核弹头向zaft军的宇宙要塞“博亚兹”进军。没有料想到地球方面会拥有“中子g扰消除器”的zaft军被打得大败。醉心于“博亚兹”的胜利的地球联合军，更进一步地向nt本国发S了核弹，幸好被驾驶自由高达和正义高达的基拉和阿斯兰联手阻止。焦虑不已的帕特利克?萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用zaft方面的核武器――“genesis（创世纪）”。
第48集
标题：怒りの日zaft军的秘密武器“创世纪”所放出的γS线肆意地S向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝sE波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和zaft军开始向你Si我活的战场发进。另一方面，基拉等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和zaft军的Si斗。最终之战的序幕，即将拉开。
第49集
标题：终末の光“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。在激烈的战斗中，1astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的神翼高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔S杀。阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。
第50集
标题：终わらない明日へ感应到克鲁泽的存在的基拉驾驶着自由高达与天命高达开始了Si斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游Pa0击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束Pa0，将无论是机T还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战Si。在与克鲁泽的Si斗中，基拉处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，基拉突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被神翼高达的浮游Pa0击毁，芙蕾Si亡。草剃号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金?杜埃要塞内部来破坏创世纪。陷入疯狂的帕特利克?萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下S杀。雅金?杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发S命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金?杜埃内部自爆来阻止创世纪的发S，却被卡嘉莉劝阻。基拉与克鲁泽的Si斗也终于到了最后。神意高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽Si亡。雅金?杜埃发生爆炸，创世纪同时发S，神意高达首当其冲，自由高达也被波及。nt临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的基拉。
――seed完结――
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