始皇帝知道李恪是不希望墨家精英全数事秦，最终导致他自己无人可用，所以只犹豫了片刻，也答应了。
而在总指挥部的构架上，李恪完全跳出了秦时盛行的一令定决制。
项目总指以李恪为祭酒，总领全局。
麾下业务一处，负责协调监管三部七组和总指主营的一切事务往来，权责相当于李恪的丞，由墨者何钰、田横、应曜三人主持。
采购一处，负责工程原料采买，由墨者程郑主持。
将作二处，负责机关打造，由墨者公输岚、邢三姑主持。
以上三处称内三处，只向李恪负责，皆不设秩级。
此外，设财务一处，分总指、三部、七组，人员由治粟寺指派，负责财务进出、预算和帐目统计。
保卫一处，分总指、七组，人员由匈奴将军莫府指派，负责施工安全和人员管理。
以上两处除了向李恪负责，还要每季向所属上级报备，移交帐目、军令备查。
另设监察一处，分总指、三部、七组，人员由御史府指派，负责对各级主事进行监管。
执法一处，分总指、三部、七组，人员由廷尉寺指派，负责辖下执法、宣判事宜。
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