第三，新任大明南洋舰队代司令郑芝龙率领大明南洋舰队配合燕无为作战，负责打击安南水师、袭扰沿海的任务，并防备泰西诸国介入大明的内乱。燕无为所率部队的运送及转移及沿途保护，也由大明南洋舰队负责。
在征倭之战中，郑芝龙表现突出，深得董宣武的欣赏。临时任命他为大明南洋舰队代司令，代董宣武行使职权。
这次作战中，郑芝龙可持董宣武的印信，调用广州水师的人马船只配合其作战。
燕无双部的海上后勤补给也交由其负责。
第四，福建总兵俞咨皋务必在十天内征集到足够的船只，做好准备运送五行卫朱雀、白虎、玄武、腾蛇四营及直属部对宫约六千多人和起装备、给养北上勤王。
浙江、福建两省暂时皆调归俞咨皋负责，暂时组成联合舰队。
除了负责运送五行卫北上勤王，五行卫海上的一应后勤补给也由俞咨皋负责。
另外，海上倭国方向的防御也交由俞咨皋负责，以防倭国出尔反尔，见大明内乱，再起歹心，撕毁协议，趁火打劫，偷袭大明东南沿海。倭国浪子野心，反复无常，素来喜欢不宣而战，这一点董宣武不能不防。
第五，台湾的政务当然是交由董宣武的哥哥，台湾巡抚董选仁负责，但军事防御
方面则交给玄武营指挥使李铁柱。玄武营营指挥使暂由玄武一标指挥使刘一刀代理。
李铁柱为人机警细心，善于动脑筋，留下李铁柱，董宣心里放心。不然，五行卫北上作战，要是老窝被人家给端了，董宣武真是要欲哭无泪了。
除此之外，李铁柱还要全面负责补充新兵的训练工作。
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