在经历了古坟时代、飞鸟时代，奈良时代、平安时代后。天皇的权力逐渐旁落，随着镰仓幕府成立，天皇完全被架空，倭国进入幕府执政的时期。
幕府执政又大致分为镰仓时代、南北朝时代、室町时代、安土桃山时代和如今的江户时代。
镰仓时代始于1185年镰仓幕府成立，终于1333年幕府灭亡，历经149年。
在北条时宗在位的时候，元世祖忽必烈曾两次侵日未果。北条时宗后期，镰仓幕府的统治日渐衰败。
后醍醐天皇趁机举兵，联合讨伐大将、上野大族足利尊氏铲除了镰仓幕府。
灭掉了镰仓幕府后，后醍醐天皇试图恢复王政复古，推行新政，史称建武新政。
此举遭到了手握重兵的足利尊氏反对，足利尊氏逼迫后醍醐天皇退位，并拥立了光明天皇为新天皇，新天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。
失败的后醍醐天皇退位后持着象征天皇权力的三神器退逃到大和的吉野，聚集反对势力与北朝相抗衡，是为南朝。
倭国的南北朝由此而形成。
足利氏原是上野的豪族，也是镰仓幕府将军源赖朝的同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，开创了室町幕府。
室町幕府第三代将军足利义满统一了南北朝。
在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此室町幕府的权威日下。
原本受幕府册封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。
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