马援也身患重病，一时，部队陷入困境。马援命令靠河岸山边凿成窟室，以避炎热的暑气。虽困难重重，但马援意气自如，壮心不减。
每当敌人登上高山、鼓噪示威，马援都拖着重病之躯出来观察瞭望敌情。手下将士深为其精神所感动，不少人热泪横流。不久，这位身经百战的老将军便在疫病的折磨中逝世！
“俗话说，文能安邦，武能定国，这才能被称之为全臣。”马平颇为感叹地说，“我们祖上就是一个这样的人。一般人都以为祖上是一员武将，文事稍逊，其实不是这样的。”
马援不唯战绩卓著，治理地方也很有成效。在陇西太守任上时，金城破羌以西，离汉廷道途遥远，又经常发生变乱，不好治理。朝廷大臣商议，要把该地区舍弃。
马援持不同意见，他提出了三条理由：第一，破羌以西的城堡都还完整牢固，适于固守；第二，那地方土地肥沃，灌溉便利；第三，假如舍弃不管，任羌人占据湟中，那么，以后将有无穷的祸患。
光武帝觉得他言之有理，依从了他的意见，下诏命令武威太守把从金城迁来的客民全都放回。放回的客民一共有三千多，他们各自都返回了原籍。
马援又奏明朝廷，为他们安排官吏，修治城郭.建造工事，开导水利。鼓励人们发展农牧业生产，郡中百姓从此安居乐业。
马援还派羌族豪强杨封说服塞外羌人，让他们与塞内羌族结好，共同开发边疆。另外，对武都地方背叛公孙述前来归附的氐人，马援以礼相待，奏明朝廷，恢复他们的侯王君长之位，赐给他们印缓。
马援在陇西太守任上一共六年。由于他恩威并施，使得陇西兵戈渐稀，人们也逐渐过上了和平安定的生活。马援治郡，务开恩信，宽以待下。他要求官吏务尽职守，自己从不过多于预，只是总其大体而已。
他家里总是宾客盈门，旧交满座。手下的官吏来汇报具体事务，如果不是非管不可，他就说：“这是县丞、县尉的责任，你们老来烦我干什么？要是大户人家欺负小老百姓，有外敌入侵，这才是我的事！”。
一次，在靠近县城的地方，乡民们结伙械斗仇杀。人们误认为羌人要造反，惊慌失措，争先恐后涌人城来。狄道县县长闻变，赶到马援府门，请示关闭城门，整兵戒备。
马援当时正与宾客饮酒，得此消息，大笑道：“这些烧当族的羌人已被我打怕了，哪里还会再来侵犯我？告诉狄道县长守好衙门；百姓害怕的，可暂时藏起来”。不久，城中安定下来，才知是虚惊一场，大家愈发佩服马援。
在剿灭征侧、征贰后，马援见西于县辖地辽阔，有三万二千多户，边远地方离治所一千多里，管理不便，就上书给皇帝，请求将西于分成封溪、望海二县。皇帝许之。
马援每到一处，都组织人力，为郡县修治城郭，并开渠引水，灌溉田地，便利百姓。
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